Место рождения Агафона Никитина теперь находится на территории Литвы. Это деревня Кибарты Урдоминской гмины Кальварийского уезда Сувалкской губернии. Именно там, в 1848 г., в русской крестьянской старообрядческой семье и увидел свет будущий герой. На военную службу Агафон поступил 22 ноября 1875 г. Участвовал в русско-турецкой войне 1877-1878 гг., за храбрость был награжден Знаком отличия Военного ордена.
Во время Ахал-Текинской экспедиции бомбардир-наводчик Агафон Никитин служил на 6-й батарее 21-й артиллерийской бригады. 30 декабря 1880 г. во время осады текинской крепости Геок-Тепе 6-я батарея находилась на Ставропольском редуте. В 21.30 большой отряд текинцев произвел дерзкую вылазку в расположение русских. На поле боя пали 1 офицер и 52 нижних чина, 2 офицера и 96 нижних чинов были ранены. Неприятелю достались два орудия. Пленных текинцы не брали, единственным исключением стал Агафон Никитин.
Русского артиллериста приволокли в крепость. В присутствии всего гарнизона Геок-Тепе текинцы приказали Никитину открыть огонь по русским из трофейных орудий или научить их обращаться с ними. Солдат ответил коротко: «Против своих не пойду». Ему обещали жизнь, сулили богатую награду. Затем, убедившись, что посулами пленного не сломить, перешли к пыткам. Агафона держали над медленным огнем, вырезали ремни из спины, отрубили ему уши и пальцы на руках… Никитин, терпя нечеловеческие муки, не изменил воинской присяге и Христовой вере. Так и не добившись от пленного ничего, текинцы отрубили мужественному русскому солдату голову…
Судьба Агафона Никитина стала известна 12 января 1881 г., после взятия Геок-Тепе. Тело Никитина было до того изуродовано, что опознать его удалось только по номеру Знака отличия Военного ордена.